Affinity Fine-Tuning of Boltz-2: An Open Framework for Protein-Ligand Potency Prediction in Drug Discovery
本文介绍了一个开放框架，利用项目特定的实验数据对 Boltz-2 进行微调，以显著提升其在先导化合物优化中的蛋白质 - 配体结合亲和力预测能力，其性能可与自由能微扰方法相媲美。
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molecular biology
204 篇论文
分子生物学探索着生命的核心密码，揭示基因如何运作、蛋白质怎样构建以及细胞如何交流。这一领域不再只是实验室里的深奥理论，而是理解疾病、开发新药甚至解读自身健康的关键。在 Gist.Science，我们致力于打破学术壁垒，让这些前沿发现触手可及。
本栏目收录的所有预印本均源自 bioRxiv。我们团队会逐一处理该分类下发布的最新预印本，为每一篇论文提供通俗易懂的科普解读与详尽的技术摘要，无论您是专业研究者还是科学爱好者，都能轻松掌握核心发现。
以下是该领域最新发布的预印本论文列表，欢迎浏览探索。
In vitro-reconstituted Drosophila Arc capsids deliver gene editors to dystrophic muscle
本研究表明，经工程化改造以结合哺乳动物受体 SORCS2 的体外重构果蝇 Arc1 衣壳，能够高效地将 Cas9 基因编辑器递送至 mdx 小鼠的营养不良性肌肉中，从而实现显著的外显子跳跃并恢复肌营养不良蛋白的表达。
Cohesin collisions maintain ordered nucleosome architecture at boundaries and promoters
本研究揭示，黏连蛋白介导的环挤出碰撞而非 CTCF 占据本身，主动维持了 CTCF 位点和转录起始位点处有序的核小体架构。
De novo designed cyclic MC4R peptide agonist reduces food intake in mice
本研究通过利用深度学习设计、优化并验证一种具有高效力且能显著减少小鼠食物摄入的新型环状MC4R激动剂，建立了一个可推广的从头肽类药物发现端到端工作流程。
Divergent RNA structures support accurate splicing of the SF3B1-sensitive MAP3K7 intron
通过对 MAP3K7 内含子进行高通量诱变和 SHAPE-MAP 分析，本研究揭示：在 SF3B1 突变背景下，虽然分支点突变是隐秘剪接位点激活的主要驱动因素，但准确剪接的维持依赖于广泛的 RNA 结构变异性而非单一保守结构，仅在特定的 RNA 结合蛋白热点区域内，结构相似性与剪接结果之间存在相关性。
Easymode: general pretrained networks for cellular cryo-ET enable flexible approaches to subtomogram averaging
本文介绍了Easymode，这是一个在超过4,000个倾斜序列上训练而成的预训练通用分割网络库，能够支持用于识别、提取和分析细胞冷冻电子断层成像中生物大分子的灵活且无需训练的 workflows，并通过测定IMPDH丝状体的4.0 Å原位结构及其细胞环境映射予以验证。
Does Low Dose Radiation Induced Adaptive Response Influence Initial DNA-DSB formation? Evidence from γH2AX foci Analysis in Human Lymphocytes
本研究证实，低剂量辐射诱导的人淋巴细胞适应性反应以时间依赖性和细胞类型特异性的方式显著降低初始DNA双链断裂信号（通过γH2AX灶点测量），且最大保护作用出现在预照射后15小时。
Affinity-tag-based microfluidic protein isolation enables high-resolution Cryo-EM from minimal starting material
本文提出了一种通用的微流控策略，利用亲和标签直接从最小化裂解液或体外翻译体系中捕获并光洗脱蛋白质，从而在显著降低样品消耗和制备时间的同时实现高分辨率冷冻电镜结构解析，相较于传统工作流程具有显著优势。
Mapping the Architecture of Protein Complexes in Arabidopsis Using Cross-Linking Mass Spectrometry
本研究通过优化的 PhoX 交联质谱工作流程，为拟南芥提供了一个大规模的结构蛋白质组学资源，该资源鉴定了超过 52,000 对交联肽段，定义了数千种蛋白质 - 蛋白质相互作用，并为光系统、核糖体和组蛋白复合物等多种分子机器提供了残基水平的空间约束。
Immunometabolic Remodeling of Perivascular Adipose Tissue in Murine Lupus: Implications for Lupus Vasculopathy
本研究证实，在狼疮小鼠模型中，胸主动脉血管周围脂肪组织经历了一种协调的分子重编程，其特征为干扰素驱动的炎症、线粒体生物能衰竭以及获得性的脂肪祖细胞分化障碍，这些因素共同推动了狼疮相关的血管病变。